明代我國已經開始應用人痘接種法預防天花,直到18世紀英國勤 納發明牛痘接種后才逐步代替,成為世界醫學免疫學的先驅。公元十七至十九世紀,由于傳染病的不斷流行,人們在同傳染病作斗爭的過程中,形成并發展了溫病學派。如明代吳有性認為傳染病的發生,“非風非寒,非暑非濕,乃天地間別有一種異氣所感”,他稱之為“戾氣"。他指出“戾氣"的傳染途徑是自口鼻而入,無論體質強弱,觸之皆病。這就突破了中醫學歷來認為的病邪是由體表進入人體的傳統理論,在細菌學尚未出現的十七世紀中葉,這無疑是一偉大創舉。
清代中醫溫病學說得到了很大的發展,在治療溫病(包括傳染性和非傳染性發熱性疾病)方面成就的代表人物著作有葉桂的《溫熱論》、薛雪的《濕熱條辨》、吳瑭的《 溫病條辨》及王士雄的《溫熱經緯》等。而且清代醫家王清任根據尸體解剖和臨床經驗寫成《醫林改錯》,改正了古代醫書在人體解剖方面的的一些錯誤,強調了解剖知識對醫生的重要性,并發展了瘀血致病理論與治療方法。
自鴉片戰爭以來,隨著西醫在中國廣泛地傳播,形成中醫、西醫并存的局面。一些醫家逐漸認識到中西醫各有所長,所以試圖把兩種學術加以匯通,逐漸形成了中西醫匯通學派。其代表人物有唐宗?!吨形鲄R通醫書五種》;張錫純《醫學衷中參西錄》等。當西方科技文化大量涌入的情況下,與此相應的是社會和醫藥界對傳統的中國醫藥逐漸有了“中醫"、中藥"之稱,對現代西方醫藥也因此逐漸稱為“西醫”、“西藥”。
民國時期,中國處在半封建半殖民地的社會,科技發展緩慢,由于國民黨政府采取廢止中醫的政策,阻礙了中醫藥的發展,因而引發了中醫藥界的普遍抗爭。盡管困難重重,但在中醫藥學術工作者的奮發進取中,中醫藥仍然有所發展。