酒的出現也是醫藥史上一項重要發明。隨著醫藥知識的日益豐富，人們由單純用酒，發展到制造各種藥酒來治病，故稱“酒為百藥之長”。所以從繁體“瞽"字的“酉”(酒)上可以看 出酒與醫藥的密切關系，由于中華文化源遠流長，古時人們尊祖重師。所以有“伏羲制九針、神農嘗百草、尹伊制湯液”的傳說。
中醫理論主要來源于對醫療經驗的總結，并在實踐中不斷運用自然科學文化充實和發展。早在公元前6世紀的春秋時代，在諸子百家爭鳴的影響下，醫藥衛生逐漸擺脫巫術的制約而趨于獨立發展，由于人們醫療技術水平不斷提高，藥物知識不斷豐富，所以中醫藥學理論由此產生而發展形成。
秦景公時代的著名醫生——醫和就用大自然的陰、陽、風、雨、晦、明“六氣 ”失和來解釋病因，這在世界醫學史是最早的病因觀。
公元前5世紀，扁鵲（秦越人）用“望聞問切”四診和針灸技術診療各科疾病。相傳《難經》為他所著，這是一部古典醫籍，其內容包括生理、病理、診斷、治療等各方面。
兩千多年前，我國現存最早的中醫理論專著《黃帝內經 》問世，標志著中醫學理論基礎的奠定。這部托名黃帝所著的經典系統總結了在此之前的治療經驗和醫學理論，結合當時的其他自然科學成就，運用陰陽五行學說等樸素的唯物論和辨證法思想，對人體的解剖、生理、病理以及疾病的診斷、治療與預防做了比較全面的闡述，對后世醫學的發展影響十分深遠!
秦漢以來，內外交通日漸發達，少數民族地區的犀角、琥珀、羚 羊角、麝香，以及南海的龍眼等，漸為內地醫家所采用。東南亞等地的藥材也不斷進入中國，從而豐富人們的藥材知識。中國現存最早的藥物學專著《神農本草經》就是當時流傳下來的。它是秦漢以前數千年用藥經驗的樸素總結，載藥365種，并記述了君、臣、佐、使、七情和四氣五味等藥物學理論。長期臨床實踐和現代科學研究證明該書所載藥效大多是正確的，如麻黃治喘，黃連治痢，海藻治癭等。
秦漢時期中醫藥學取得了重大發展，其中東漢著名醫家張仲景深研古典醫籍，廣泛采集眾人的有效藥方，并結合自己的臨床經驗，著成《傷寒雜病論》。以六經辨傷寒， 以臟腑辨雜病，確立了中醫學辨證施治的理論體系與治療原則，為臨床醫學的發展奠定了基礎。后世又將該書分為《傷寒論》和《金匱要略》。兩書實收方劑269首，基本上概括了臨床各科的常用方劑，被譽為“方書之祖”。
東漢著名醫家華佗是我國醫學史上為數不多的杰出外科醫生之一，一生游歷于中原各地，為百姓治病。擅長麻醉開胸破腹的外科手術，他善用針灸等方法。但是由于外科手術的方法并不是建立在“尊儒”文化基礎上的主流治法，在儒家的“身體發膚，受之父母”的主張之下，外科手術并沒有大規模地發展起來。但隨著中醫學在理論和實踐方法上的不斷進步，大部分疾病通過“文明”和“簡便”的針灸、藥物等內治法取代了痛苦大、損傷重、傷經斷絡的外科方法，就是這種特殊的文化氛圍中造就了中醫學許多外病內治方法。
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